Faktury ustrukturyzowane w KSeF a przyspieszony zwrot VAT

Krajowy System e-Faktur (KSeF) wprowadza nową jakość w procesie fakturowania w Polsce, oferując podatnikom nie tylko nowoczesne narzędzie do wystawiania dokumentów, ale również konkretne korzyści finansowe. Jedną z najważniejszych zachęt do korzystania z systemu jest możliwość uzyskania przyspieszonego zwrotu podatku VAT. W obecnym stanie prawnym wystawianie faktur ustrukturyzowanych pozostaje dobrowolne, jednak ustawodawca przewidział szereg przywilejów mających na celu zachęcenie przedsiębiorców do wcześniejszego adoptowania tego rozwiązania.

Faktury ustrukturyzowane to dokumenty wystawiane przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur, które otrzymują unikalny numer identyfikacyjny w systemie. Różnią się one znacząco od tradycyjnych faktur papierowych czy elektronicznych przesyłanych w formacie PDF. Kluczowa różnica polega na tym, że faktury ustrukturyzowane są przetwarzane automatycznie przez system administracji skarbowej, co umożliwia szybszą weryfikację i przetwarzanie wniosków o zwrot VAT.

Krajowy System e-Faktur - obecny stan prawny

Obecnie podatnicy mają do wyboru trzy formy wystawiania faktur: papierową, elektroniczną oraz ustrukturyzowaną. Faktury ustrukturyzowane wystawiane są wyłącznie przez Krajowy System e-Faktur, który został uruchomiony jako dobrowolne narzędzie dla przedsiębiorców. Zgodnie z art. 2 pkt 32a ustawy o VAT, faktura ustrukturyzowana to dokument wystawiony przy użyciu KSeF wraz z przydzielonym numerem identyfikującym.

Proces wystawiania faktury ustrukturyzowanej jest stosunkowo prosty, ale wymaga wcześniejszego zalogowania się do systemu KSeF. Podatnik wprowadza dane faktury do systemu, który następnie przetwarza informacje i nadaje dokumentowi unikalny numer identyfikacyjny. Zgodnie z art. 106na ustawy o VAT, faktura uznawana jest za wystawioną w dniu jej przesłania do Krajowego Systemu e-Faktur.

Istotnym aspektem funkcjonowania KSeF w obecnym okresie jest kwestia zgody odbiorcy na otrzymywanie faktur. Do końca stycznia 2026 roku wystawca musi uzyskać zgodę kontrahenta na przesyłanie faktur przez system. W przypadku braku takiej zgody, przedsiębiorca ma obowiązek dostarczyć fakturę w innej formie, na przykład jako plik PDF lub w wersji papierowej. Niemniej jednak, niezależnie od wyrażenia zgody, odbiorca zawsze ma możliwość pobrania faktury bezpośrednio z KSeF, pod warunkiem że zna jej numer identyfikacyjny.

System przewiduje również możliwość automatycznego pobierania faktur przez odbiorców. Funkcjonalność ta będzie szczególnie istotna po wprowadzeniu obowiązkowego korzystania z KSeF, kiedy to wszyscy polscy przedsiębiorcy będą musieli korzystać z systemu przynajmniej w zakresie odbierania faktur zakupowych.

Harmonogram wdrażania obowiązkowego KSeF

Choć obecnie korzystanie z Krajowego Systemu e-Faktur pozostaje dobrowolne, rząd przedstawił szczegółowy harmonogram wprowadzania obowiązku wystawiania e-faktur. Plan zakłada etapowe wdrażanie, które ma ułatwić przedsiębiorcom przygotowanie się do nowych wymogów.

1. Od 1 lutego 2026 roku obowiązek obejmie duże przedsiębiorstwa, których roczny obrót przekroczył 200 milionów złotych brutto
2. Od 1 kwietnia 2026 roku wymóg zostanie rozszerzony na pozostałych podatników, z niewielkimi wyjątkami dla specyficznych branż
3. Od 1 stycznia 2027 roku obowiązek obejmie najmniejsze firmy, których miesięczna sprzedaż nie przekracza 10 000 złotych brutto
4. Dla mikroprzedsiębiorców termin został odroczony, aby umożliwić im lepsze przygotowanie do zmian
5. Równolegle z wprowadzaniem obowiązku wystawiania będą wdrażane wymogi dotyczące odbierania faktur

Wprowadzenie obowiązkowego korzystania z KSeF oznacza w praktyce, że wejście do systemu stanie się konieczne dla wszystkich podatników w Polsce, przynajmniej w zakresie obsługi dokumentów zakupowych. Ta zmiana wymusi na przedsiębiorcach przygotowanie odpowiednich procedur i narzędzi do integracji z systemem, niezależnie od tego, czy będą już wystawiać faktury ustrukturyzowane.

Przyspieszony zwrot VAT - główne korzyści

Jedną z najważniejszych zachęt do dobrowolnego korzystania z KSeF jest możliwość uzyskania przyspieszonego zwrotu różnicy podatku VAT. Standardowo, zgodnie z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, zwrot podatku następuje w terminie 60 dni licząc od dnia złożenia rozliczenia. Jednak podatnicy wystawiający wyłącznie faktury ustrukturyzowane mogą liczyć na skrócenie tego terminu do 40 dni.

Przyspieszony zwrot VAT jest szczególnie istotny dla przedsiębiorstw, które regularnie wykazują nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym. Dotyczy to często firm zajmujących się eksportem, przedsiębiorstw inwestujących w środki trwałe, czy też działalności charakteryzujących się wysokim udziałem kosztów podlegających odliczeniu VAT.

Mechanizm przyspieszonego zwrotu opiera się na automatycznej weryfikacji danych przez system KSeF. Ponieważ faktury ustrukturyzowane są przetwarzane elektronicznie i zawierają ustandaryzowane dane, administracja skarbowa może szybciej przeprowadzić niezbędne kontrole i weryfikacje. Eliminuje to potrzebę manualnego przetwarzania dokumentów, co znacząco przyspiesza cały proces.

Przedsiębiorca prowadzący działalność eksportową wystawił w okresie rozliczeniowym wyłącznie faktury ustrukturyzowane przez KSeF. Kwota podatku naliczonego przekroczyła podatek należny o 2500 złotych. Ponieważ spełnia wszystkie warunki przewidziane w przepisach, może liczyć na zwrot różnicy w terminie 40 dni zamiast standardowych 60 dni, co oznacza o 20 dni szybszy dostęp do środków finansowych.

Warunki uzyskania przyspieszonego zwrotu

Aby skorzystać z 40-dniowego terminu zwrotu VAT, podatnik musi spełnić szereg warunków określonych w art. 87 ust. 5b ustawy o VAT. Warunki te są weryfikowane automatycznie przez system teleinformatyczny Szefa Krajowej Administracji Skarbowej, co zapewnia obiektywność i szybkość procesu.

Podstawowym wymogiem jest wystawianie wyłącznie faktur ustrukturyzowanych w związku z wykonywaniem czynności opodatkowanych. Oznacza to, że podatnik nie może w danym okresie rozliczeniowym wystawiać tradycyjnych faktur papierowych ani elektronicznych w formacie PDF. Każda faktura musi przejść przez system KSeF i otrzymać unikalny numer identyfikacyjny.

Kolejnym warunkiem jest ograniczenie kwotowe - kwota podatku naliczonego lub różnicy podatku nierozliczona w poprzednich okresach rozliczeniowych i wykazana w deklaracji nie może przekraczać 3000 złotych. To ograniczenie ma na celu minimalizację ryzyka dla budżetu państwa i zapewnienie, że przyspieszony zwrot dotyczy względnie niewielkich kwot.

• Podatnik musi być zarejestrowany jako podatnik VAT czynny przez kolejne 12 miesięcy poprzedzających bezpośrednio okres rozliczeniowy
• Za każdy okres rozliczeniowy w tym czasie musi składać deklaracje VAT terminowo i prawidłowo
• Musi posiadać rachunek rozliczeniowy lub imienny rachunek w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej
• Rachunek musi być zawarty w wykazie zwanym "białą listą VAT" prowadzonym przez administrację skarbową
• Wszystkie te warunki są weryfikowane automatycznie przez system teleinformatyczny KAS

Wymóg posiadania rachunku na białej liście VAT jest szczególnie istotny, ponieważ zapewnia dodatkową weryfikację wiarygodności podatnika. Biała lista zawiera rachunki bankowe podatników VAT czynnych, które zostały zweryfikowane przez administrację skarbową. Posiadanie rachunku na tej liście świadczy o prawidłowym prowadzeniu działalności i terminowym wywiązywaniu się z obowiązków podatkowych.

Szczególne przypadki i wyjątki

Przepisy przewidują pewne wyjątki od zasady wystawiania wyłącznie faktur ustrukturyzowanych, które nie wykluczają możliwości uzyskania przyspieszonego zwrotu VAT. Art. 87 ust. 5c ustawy o VAT precyzuje, że 40-dniowy termin zwrotu stosuje si także wtedy, gdy podatnik oprócz faktur ustrukturyzowanych wystawił określone rodzaje dokumentów.

Do wyjątków należą faktury, których nie wystawia się w postaci faktury ustrukturyzowanej z powodu braku zgodności ze wzorem faktury ustrukturyzowanej udostępnionym na elektronicznej platformie usług administracji publicznej. Dotyczy to sytuacji, gdy specyfika transakcji lub rodzaj świadczonych usług nie pozwala na wykorzystanie standardowego wzoru dostępnego w KSeF.

Kolejnym wyjątkiem są faktury uproszczone wystawiane w przypadku sprzedaży zewidencjonowanej przy zastosowaniu kasy rejestrującej. Te dokumenty ze względu na swoją specyfikę i sposób generowania przez urządzenia fiskalne nie mogą być wystawiane przez system KSeF, co zostało uwzględnione w przepisach.

Faktury pro forma również nie mogą być wystawiane przez KSeF, ponieważ nie są to faktury w prawnym znaczeniu tego słowa. Termin "faktura pro forma" ma charakter zwyczajowy i nie występuje w przepisach ustawy o VAT. Wystawienie takiego dokumentu nie powoduje skutków w zakresie podatku VAT - nie powstaje obowiązek zapłaty wykazanego podatku ani podstawa do jego odliczenia przez kontrahenta.

Noty korygujące mogą być wystawiane w ramach systemu KSeF jako faktury ustrukturyzowane. Ich wystawienie nie wpływa negatywnie na możliwość uzyskania przyspieszonego zwrotu VAT, pod warunkiem że wszystkie pozostałe faktury w danym okresie rozliczeniowym zostały wystawione jako faktury ustrukturyzowane.

Praktyczne aspekty korzystania z KSeF

Wdrożenie systemu KSeF w przedsiębiorstwie wymaga odpowiedniego przygotowania technicznego i organizacyjnego. Podatnicy mogą korzystać z systemu na różne sposoby, w zależności od skali działalności i posiadanej infrastruktury IT. Podstawową opcją jest korzystanie z interfejsu webowego dostępnego bezpośrednio przez przeglądarkę internetową.

Dla przedsiębiorstw o większej skali działalności istotna jest możliwość integracji systemów księgowych z KSeF poprzez dedykowane API. Takie rozwiązanie pozwala na automatyczne przesyłanie faktur do systemu bez konieczności ręcznego wprowadzania danych. Integracja może być realizowana przez dostawców oprogramowania księgowego, którzy dostosowują swoje systemy do współpracy z KSeF.

Proces wystawiania faktury ustrukturyzowanej obejmuje kilka etapów. Najpierw podatnik wprowadza dane faktury do systemu, następnie KSeF weryfikuje poprawność danych i nadaje dokumentowi unikalny numer identyfikacyjny. Po pozytywnej weryfikacji faktura staje się dostępna dla odbiorcy w systemie, a wystawca otrzymuje potwierdzenie prawidłowego przetworzenia.

1. Logowanie do systemu KSeF przy użyciu profilu zaufanego lub podpisu elektronicznego
2. Wprowadzenie danych faktury zgodnie z wymaganym wzorem
3. Weryfikacja poprawności danych przez system
4. Nadanie unikalnego numeru identyfikacyjnego faktury
5. Udostępnienie faktury odbiorcy w systemie
6. Otrzymanie potwierdzenia prawidłowego przetworzenia dokumentu

Istotnym aspektem praktycznym jest kwestia archiwizacji dokumentów. Faktury ustrukturyzowane przechowywane są w systemie KSeF, co zapewnia ich bezpieczeństwo i dostępność przez wymagany prawem okres. Podatnicy mogą w każdej chwili pobrać swoje faktury z systemu, co ułatwia prowadzenie księgowości i przygotowywanie rozliczeń podatkowych.

Wpływ na proces księgowy i rozliczenia

Wprowadzenie faktur ustrukturyzowanych znacząco wpływa na procesy księgowe w przedsiębiorstwach. Automatyzacja wystawiania i odbierania faktur pozwala na redukcję czasu poświęcanego na ręczne wprowadzanie danych do systemów księgowych. Faktury pobrane z KSeF mogą być automatycznie importowane do oprogramowania, co minimalizuje ryzyko błędów i przyspiesza proces księgowania.

Dla biur rachunkowych obsługujących wielu klientów system KSeF oferuje możliwość centralnego zarządzania fakturami. Biuro może otrzymać upoważnienie od swoich klientów do wystawiania faktur w ich imieniu, co pozwala na efektywną obsługę wielu podmiotów z jednego miejsca. Takie rozwiązanie jest szczególnie korzystne dla małych i średnich przedsiębiorstw, które nie posiadają własnych działów księgowych.

Automatyczne przetwarzanie faktur ustrukturyzowanych przez administrację skarbową oznacza również szybszą weryfikację prawidłowości rozliczeń VAT. System może automatycznie porównywać dane z faktur sprzedaży i zakupu, co ułatwia wykrywanie rozbieżności i błędów w deklaracjach podatkowych.

Średnie przedsiębiorstwo produkcyjne zdecydowało się na wdrożenie KSeF na sześć miesięcy przed wprowadzeniem obowiązku. Dzięki integracji systemu księgowego z KSeF czas poświęcany na wystawianie faktur skrócił się o 40%, a ryzyko błędów w danych zostało zminimalizowane. Dodatkowo, firma regularnie korzysta z przyspieszonego zwrotu VAT, co poprawia jej płynność finansową.

Przygotowanie do obowiązkowego korzystania z KSeF wymaga również odpowiedniego przeszkolenia pracowników odpowiedzialnych za procesy fakturowania i księgowości. Zmiana sposobu pracy może początkowo spotkać się z oporem, dlatego ważne jest stopniowe wdrażanie systemu i zapewnienie odpowiedniego wsparcia technicznego.

Bezpieczeństwo i ochrona danych

System KSeF został zaprojektowany z uwzględnieniem najwyższych standardów bezpieczeństwa danych. Wszystkie faktury przechowywane są w bezpiecznej infrastrukturze rządowej, która podlega regularnym audytom bezpieczeństwa i jest chroniona przed nieautoryzowanym dostępem. Dostęp do systemu wymaga silnego uwierzytelniania za pomocą profilu zaufanego lub kwalifikowanego podpisu elektronicznego.

Dane przesyłane między systemami księgowymi a KSeF są szyfrowane przy użyciu nowoczesnych protokołów kryptograficznych. Zapewnia to ochronę przed przechwyceniem i modyfikacją danych podczas transmisji. System rejestruje również wszystkie operacje, co pozwala na śledzenie dostępu do faktur i wykrywanie potencjalnych naruszeń bezpieczeństwa.

Podatnicy mają pełną kontrolę nad dostępem do swoich danych w systemie KSeF. Mogą udzielać uprawnień innym podmiotom, takim jak biura rachunkowe czy doradcy podatkowi, a także je cofać w każdej chwili. System zapewnia szczegółowe logowanie wszystkich operacji, co pozwala na monitorowanie kto i kiedy miał dostęp do poszczególnych faktur.

• Szyfrowanie danych podczas transmisji i przechowywania
• Uwierzytelnianie wieloskładnikowe dla dostpu do systemu
• Regularne kopie zapasowe i procedury odtwarzania danych
• Monitoring bezpieczeństwa w czasie rzeczywistym
• Zgodność z rozporządzeniem RODO w zakresie ochrony danych osobowych
• Możliwość udzielania i cofania uprawnień dostępu innym podmiotom

Najczęstsze pytania

Nie, aby skorzystać z 40-dniowego terminu zwrotu VAT, musisz wystawiać wyłącznie faktury ustrukturyzowane w KSeF. Wyjątkami są tylko faktury uproszczone z kas fiskalnych, noty korygujące, faktury VAT RR i faktury pro forma, które nie wykluczają możliwości uzyskania przyspieszonego zwrotu.

Przepisy dotyczące przyspieszonego zwrotu VAT będą obowiązywać do 31 stycznia 2026 roku. Od 1 lutego 2026 roku, wraz z wprowadzeniem obowiązkowego korzystania z KSeF dla największych przedsiębiorstw, ta zachęta zostanie uchylona.

Kwota podatku naliczonego lub różnicy podatku nierozliczona w poprzednich okresach rozliczeniowych nie może przekraczać 3000 złotych. To ograniczenie ma zastosowanie do każdego okresu rozliczeniowego, w którym występujesz o przyspieszony zwrot.

Do końca stycznia 2026 roku tak, potrzebujesz zgody odbiorcy na przesyłanie faktur przez KSeF. Jeśli kontrahent nie wyrazi zgody, musisz dostarczyć fakturę w innej uzgodnionej formie. Od 1 lutego 2026 roku wszyscy przedsiębiorcy będą zobowiązani do odbierania faktur z KSeF.

Jeśli nie spełnisz któregokolwiek z warunków przewidzianych w przepisach, zwrot VAT nastąpi w standardowym terminie 60 dni od złożenia deklaracji. System automatycznie zweryfikuje spełnienie warunków i zastosuje odpowiedni termin zwrotu.

Nie, faktury pro forma nie wykluczają możliwości otrzymania przyspieszonego zwrotu VAT, ponieważ nie są to faktury w prawnym znaczeniu i nie powodują skutków podatkowych. Mogą być wystawiane poza systemem KSeF bez wpływu na uprawnienie do 40-dniowego zwrotu.